نحوه مشاركت اعضاء در سیاستگذاری و برنامه های سازمان بدینگونه است كه با عضویت مهندسین كشاورزی و منابع طبیعی براساس قانون , عضو مجمع عمومی نظام مهندسی همان استانی كه در آن به عضویت درآمده اند می گردند و بر عملكرد سازمان استان خود نظارت داشته، برنامه ها ، بودجه ، عملكرد و تراز مالی سازمان هر استان می بایست به تصویب اكثریت اعضاء مجمع عمومی در هر استان برسد
شورای استانها و بخش اجراِِئی :
در استانها 11 نفر اعضای شورای نظام مهندسی هر استان را تشکیل می دهند که 7 نفر توسط اعضاء انتخاب می شوند و 4 نفر نماینده دستگاههای اجرائی مرتبط می باشند . شورای استانها در چهارچوب قانون و مصوبات شورای مركزی، سیاستهای اجرائی را در استان تدوین می نمایند . سازمان می تواند در شهرستانهای هر استان نیز دارای شعب باشد كه چگونگی تشكیل آن براساس آئین نامه اجرائی قانون می باشد.
بخش اجرائی سازمان و چارت تشكیلاتی آن براساس مصوبه شورای مركزی تعیین ، و اجرائی نمودن قانون و آئین نامه های اجرائی و مصوبات شورای مركزی را بعهده دارد . رئیس شورای مركزی و رؤسای شوراهای استانی بترتیب رئیس سازمان مركزی و رئیس سازمان استان نیز میباشند
دلیل حضور نمایندگان دستگاههای دولتی :
دلیل حضور نمایندگان دستگاههای دولتی در این سازمان واگذاری بخشی از وظائف دولت در بخش كشاورزی به این سازمان می باشد . كلیه مصوبات شورای مركزی و شورای استانها با اكثریت مطلق اعضاء معتبر می باشد